En 1243, à la tête d'une armée de 10.000 hommes, Hugues des Arcis, sénéchal du roi de France à Carcassonne, et Pierre Amiel, évêque de Narbonne, mettent le siège devant la forteresse de Montségur. Ce siège durera 11 mois environ, jusqu'à son issue tragique : les assiégés se rendront le 16 mars 1244 et ils seront plus de 230 cathares qui, ne voulant pas renier leur foi, monteront sur le bûcher...
Une petite communauté du nom d'Ourjac s'installe à peu près à l'emplacement du village actuel, non loin de la fontaine qui porte encore le même nom. La communauté n'a pas d'église et, pour suivre le culte, ses membres doivent monter au château.
Au 16° siècle, ce village devenu Montségur se développe pour prendre au 19° siècle l'aspect du village actuel, une partie des maisons étant construites avec les pierres du château. Tissage et agriculture seront les principales activités des habitants. A la fin du 19° siècle la population ne va cesser de décroître : 743 habitants en 1889, 592 en 1900 et 125 habitants en 2014.